底击败庞培追击到埃及。
埃及人刺杀庞培后，将庞培人头献给恺撒。恺撒宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐克利奥佩特拉（Cleopatra，即埃及艳后）共享。此举惹恼埃及人，爆发亚历山大战役。
恺撒带领第六军团加上援军，彻底击败埃及军（亚历山大港战役），托勒密十三世阵亡，克利奥佩特拉登上埃及王位。
会战期间，恺撒士兵所发射的火箭命中亚历山大城大图书馆，60多万本书毁于一旦。
战役结束后，恺撒与克利奥佩特拉进行为期两月的尼罗河之旅，接着征讨破坏与罗马之间协约的潘特斯王国（本都王国），在泽拉之战获得胜利，留下了“我来,我看,我征服”的豪言壮语。
公元前46年，恺撒回罗马后召集军队，攻打逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党，一度在拉斯皮纳战役中败给昆塔斯·拉宾努斯，但于塔尔索斯会战（塔普苏斯之战）中获完全胜利。之后，恺撒回到罗马，进行长达十天的凯旋式。 [2]
回到罗马的恺撒推动各项改革，包括给予北意大利和西西里岛人民罗马公民权、请专家制作儒略历、建立和平广场等。
在公元前45年，庞培两个儿子逃到西班牙发动叛乱，恺撒再次远征西班牙，于阿特瓜战役和孟达之战击败叛军，庞培长子劳斯阵亡，次子小庞培流亡西西里。恺撒回国之后，于公元前44年宣布成为终生独裁官。
三国：乱世第一枭雄